Pour accompagner sa nouvelle dynamique, le PASEC a redéfini ses modes d’organisation et de gouvernance. Leur mise en place est prévue progressivement entre 2012 et 2014. Le nouveau plan d’actions du PASEC prévoit notamment le recrutement d’un coordonnateur pour piloter le programme, assurer la réalisation de son plan d’action pluriannuel (2013-2016) et contribuer à la mise en œuvre de la nouvelle gouvernance du programme.